قدمت بیمارستان فارابی به سال ۱۳۰۰بر می گردد ، باغ حاج معدل شیرازی خریداری و به آسایشگاه شهرداری اختصاص یافت . آسایشگاه بعدا به کارخانه تبدیل گردید . سپس بیماران موسسات خیریه مانند دارالایتام و دارالمساکین را در این محل جا دادند و بنام مریضخانه فقرا موسوم شد.
بعد از مدتی بیماران به بیمارستان بلدیه منتقل و محل مذکور به کارخانه برق بخش ۱۰ اختصاص یافت .
این وضع چند سال ادامه داشت تا اینکه در دارالمساکین تیفوس شیوع یافت ، ناگزیر چند تخت درمحوطه قرار داده و بیماران تیفوسی را در آن بستری کردند و نام مریضخانه نمره ۲ را برآن نهادند .
بعد از پایان همه گیری تیفوس ، بخشهای طبی و جراحی در مریضخانه دائر گشته و درمانگاههای مختلف پزشکی، جراحی و دندانپزشکی، بخش و درمانگاه بیماریهای گوش و حلق و بینی و داروخانه در آن تشکیل شد. در سال ۱۳۱۹ ،به صورت یک بیمارستان مجهز به دانشکده پزشکی ملحق گردید .

از سال ۱۳۲۱

احداث ساختمان کرسی چشم پزشکی به مساحت ۱۳۱۰۲ متر مربع، در آغاز سال ۱۳۲۱ شروع و در سال ۱۳۲۴ پایان یافت و درروز دوم آذرماه سال ۱۳۲۵ افتتاح و مورد استفاده قرار گرفت . ساختمان شامل بخشهای پزشکی، گوش و حلق و بینی ،آزمایشگاه و داروخانه با گنجایش ۱۲۰ تخت بستری بود که بعدها تا ۲۲۰ تخت گسترش داده شد .
در دوم خرداد ۱۳۳۶ به پاس خدمات مرحوم لسان شمس استاد فقید چشم پزشکی اطاق عمل بخش چشم پزشکی بیمارستان بنام آن مرحوم نامگذاری شد.  در تشکیلات کرسی چشم پزشکی ،کلاس تخصصی چشم پزشکی که مدت دوره آن سه سال بود دایر شد. کسانی که دانشکده پزشکی را به پایان می رساندند با طی این دوره آموزشی علمی و عملی تخصصی و گذراندن امتحانات لازم و نوشتن رساله مربوطه در رشته چشم پزشکی متخصص می شدند .

پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران

در سال ۱۳۵۹ لایحه واگذاری کلیه اراضی اطراف بیمارستان (حدود صدهزار متر مربع) به دانشکده پزشکی دانشگاه تهران ابلاغ و عملیات ساختمانی بیمارستان جدید فارابی شروع گردید .این ساختمان با مساحت ۲۳ هزار متر مربع زیربنا در سال ۱۳۶۶افتتاح و به تشکیلات قدیم افزوده شد .
پس از پیروزی انقلاب اسلامی با توجه خاص به توسعه و تجهیز بیمارستان و با تلاش مسولان ذیربط، این بیمارستان به صورت بزرگترین مرکز چشم پزشکی در خاورمیانه درآمده و بسیاری از اعمال جراحی چشمکه قبلا در ایران قابل انجام نبود و بالاجبار بایستی بیماران راجهت مداوا به خارج از کشور اعزام می نمودند، با همت پزشکان مجرب و پرسنل سخت کوش بیمارستان در این مرکز انجام می گیرد . بطوری که نیاز به اعزام بیماران به خارج از کشور جهت معالجه چشم بسیار اندک شده است.

خدمات ويژه

چشم-ccu-ICU OR

اتاق عمل -تحت نظر اورژانس-بخش اورژانس-اتاق عمل اورژانس

آزمايشگاه پاتولوژي-آزمايشگاه طبي-آنژيوگرافي چشم -داروخانه-راديولوژي-ليزر اگزايمر-پريمتري -سونوگرافي-مولتي اسلايد-الكترو كارديوگرافي-اكو كارديوگرافي-ليزرتراپي چشم-خدمات پاراكلينيك درمانگاه رفركتيو-ليزيك-OCT-GDX-اكوگرافي چشم-كانتاكت لنز-الكترو فيزيولوژي-IOLMASTER-ساير چشم-UBM-كانفكال اسكن-كراتوگرافي-اسپكيولار

درمانگاه اورژانس تخصص چشم -ساير(درمانگاه فوق تخصص گلوكوم)-ساير(درمانگاه فوق تخصص قرنيه)-ساير(درمانگاه عيوب انكسار)-درمانگاه قلب-درمانگاه داخلي اعصاب ( نورولوژي )-درمانگاه تخصصي چشم-ساير(درمانگاه فوق تخصص رتين )- فوق تخصصي اربيت و مجاري اشكي-ساير(درمانگاه فوق تخصص استرابيسم )-ديابت-كلينيك بيهوشي-كاتاراكت--تومور چشم-درمانگاه جراحي رفركتيو